Отобразить HTML-отчет в Jupyter с R

Question

Функция qa () библиотеки биокондукторов ShortRead генерирует статистику качества из файлов fastq.Затем функция report () подготавливает отчет о различных показателях в формате html.Несколько других вопросов на этом сайте рекомендовали использовать функцию display_html () IRdisplay для отображения html в блокнотах jupyter с использованием R (irkernel).Однако он выдает только ошибки при попытке отобразить html-отчет, сгенерированный функцией report () функции ShortRead.

library("ShortRead")
sample_dir <- system.file(package="ShortRead", "extdata", "E-MTAB-1147") # A sample fastq file
qa_object <- qa(sample_dir, "*fastq.gz$")
qa_report <- report(qa_object, dest="test") # Makes a "test" directory containing 'image/', 'index.html' and 'QA.css'
library("IRdisplay")
display_html(file = "test/index.html")

Дает мне:

Error in read(file, size): unused argument (size)
Traceback:

1. display_html(file = "test/index.html")
2. display_raw("text/html", FALSE, data, file, isolate_full_html(list(`text/html` = data)))
3. prepare_content(isbinary, data, file)
4. read_all(file, isbinary)

Есть ли другой способпоказать этот отчет в Jupyter с R?

Answer 1

Похоже, в коде есть ошибка.Быстрое решение заключается в клонировании репозитория github и внесении следующих изменений в ./IRdisplay/R/utils.r, а в строке 38 измените строку с:

read(file,size)

to

read(size)

сохраните файл, переключитесь в родительский каталог и создайте новый tarbal, например,

tar -zcf IRdisplay.tgz IRdisplay/

изатем переустановите новую версию, например, после перезапуска R, введите:

install.packages( "IRdisplay.tgz", repo=NULL )