Если эти документы каким-то образом генерируются автоматически (например, javadoc, sphinx, doxygen), я бы не стал передавать документацию в git.Я бы только зафиксировал источники и скрипт, использованный для генерации этой документации, и добавил бы раздел в README, объясняющий, как он генерируется.Таким образом, любой участник, которому это нужно, может легко сгенерировать его, но вы не «загрязняете» свой репозиторий, что приводит к огромным изменениям.