Если я правильно понимаю ваш вопрос, то не думаю, что это возможно. Если класс Bar имеет ссылку на Foo, то FK, сгенерированный с текущей конфигурацией, является правильным. Если вы хотите, чтобы Bar имел ссылку на AbstractFoo, тогда он создаст FK для таблицы abstractFoo и позволит любому подклассу AbstractFoo быть ссылками на Bay Bar.
Обычно это действительно то, что вы хотите ... Ссылка на суперкласс. Однако, не зная о вашем дизайне, если вам действительно нужна ссылка на подкласс, тогда ваша конфигурация верна.