Я уроженец питона и недавно начал изучать C ++.Чтобы попытаться ускорить некоторые вещи, я пытаюсь создать привязки Python для определенных функций, которые я написал на C ++ с помощью библиотеки boost.Код выглядит следующим образом:
tools.h
#ifndef UEBUNG1_TOOLS_H
#define UEBUNG1_TOOLS_H
#include <string>
#include <vector>
#include <map>
#include <boost/python.hpp>
#include <boost/python/suite/indexing/vector_indexing_suite.hpp>
using namespace std;
vector<string> *product(string alphabet, int repeats);
vector<string> *product(vector<string> pools);
vector<string>* hammdist(string &pattern, int distance);
#endif //UEBUNG1_TOOLS_H
tools.cpp
#include <boost/python.hpp>
#include <boost/python/suite/indexing/vector_indexing_suite.hpp>
#include "tools.h"
#include <vector>
#include <string>
#include <map>
using namespace std;
vector<string> *product(string alphabet, int repeats) {
//initializing vector
auto *results = new vector<string>();
for(auto character : alphabet) {
string tmpstr;
tmpstr = character;
results->push_back(tmpstr);
}
//cartesian product generation
for(int i = 1; i < repeats; i++) {
vector<string> tmp = *results;
results->clear();
//iterating over temporary list adding elements from pool to each contained string
for(auto &it : tmp) {
for(auto &character : alphabet) {
results->push_back(it + character);
}
}
}
return results;
}
vector<string> product(vector<string> pools) {
//initializing vector
auto *results = new vector<string>();
for(auto character : pools[0]) {
string tmpstr;
tmpstr = character;
results->push_back(tmpstr);
}
//removing the first pool container
pools.erase(pools.begin());
//cartesian product generation
for(const auto &pool : pools) {
vector<string> tmp = *results;
results->clear();
//iterating over temporary list adding elements from pool to each contained string
for(auto &it : tmp) {
for(auto character : pool) {
results->push_back(it + character);
}
}
}
return results;
}
vector<string>* hammdist(string &pattern, int distance) {
map<char, string> possibles = {
{'A', "CGT"},
{'C', "AGT"},
{'G', "ACT"},
{'T', "ACG"}
};
auto *results = new vector<string>();
vector<string> *masks = product("01", pattern.size());
for(auto &mask : *masks) {
auto *permute = new vector<string>();
auto *tmp = new vector<string>();
if(count(mask.begin(), mask.end(), '1') == distance) {
for(int i = 0; i < pattern.size(); i++) {
if(mask[i] != '1') {
string tmpstr;
tmpstr = pattern[i];
tmp->push_back(tmpstr);
}
else {
tmp->push_back(possibles[pattern[i]]);
}
}
permute = product(*tmp);
results->insert(results->end(), permute->begin(), permute->end());
}
delete permute;
delete tmp;
}
return results;
}
BOOST_PYTHON_MODULE(tools) {
def("hammdist", hammdist, return_value_policy<manage_new_object>());
class_<vector<string>>("string_vector").def(vector_indexing_suite<vector<string>>());
}
The BOOST_PYTHON_MODULE(tools) вызов со всеми содержащимися в нем вызовами функций в основном был скомпилирован с использованием следующих источников:
Но попытка скомпилировать этот код с помощью CLion, который вызывает clang, а cmake всегда выдает ошибку компоновщика:
vtable для boost :: python :: objects :: py_function_impl_base ", на который ссылаются из:
boost :: python :: objects :: py_function_impl_base :: py_function_impl_base () в tools.cpp.o
ПРИМЕЧАНИЕ: отсутствующий vtable обычно означает, что первая не встроенная виртуальная функция-член не имеет определения.
ld: символы не найдены для архитектуры x86_64
CMakeLists.txtфайл выглядит следующим образом:
CMakeLists.txt
cmake_minimum_required(VERSION 3.12)
project(Uebung1)
set(CMAKE_CXX_STANDARD 17)
set(CMAKE_INCLUDE_CURRENT_DIR ON)
if(APPLE)
set(CMAKE_SHARED_LIBRARY_SUFFIX ".so")
endif(APPLE)
find_package(PythonLibs 2.7 REQUIRED)
include_directories(${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
set(PROJECT_SOURCE_DIR src/)
include_directories(${PROJECT_SOURCE_DIR})
set(BOOST_ROOT "/Users/DaniBook/miniconda3/pkgs/boost-1.66.0-py27_1")
set(BOOST_LIBRARYDIR "/Users/DaniBook/miniconda3/pkgs/boost-1.66.0-27_1/lib")
find_package(Boost COMPONENTS python REQUIRED)
include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
add_library(tools SHARED src/tools.cpp src/tools.h)
target_link_libraries(tools ${Boost_LIBRARIES} ${PYTHON_LIBRARIES})
set_target_properties(tools PROPERTIES PREFIX "")
add_executable(Uebung1 src/main.cpp src/tools.h src/tools.cpp)
main.cpp
#include <iostream>
#include "tools.h"
#include <vector>
#include <map>
using namespace std;
int main(int argc, char *argv[]) {
string pattern = "AAAAAAAGGGGGG";
auto *results = hammdist(pattern, 4);
int i = 1;
for(auto &res : *results) {
cout << res << i << endl;
i++;
}
return 0;
}
Я действительно не знаю, что я делаю неправильно, и я не смог найти ни одного работающего примера того, что я пытаюсь сделать в Интернете.Может кто-нибудь сказать мне, в чем проблема?
Заранее спасибо!