Действие щелчка распространяется из вашего компонента #window через оверлей # окна.
Затем вам нужно остановить это распространение, и вы можете сделать это следующим образом
<template id="my-test">
<div id="window-overlay" class="my-test" onclick="closeWindow()">
<div id="window" class="window" onclick="e => e.stopPropagation()">
<p>My Window</p>
</div>
</div>
</template>
Если вам нужно выполнить другие действия при щелчке в компоненте #window, вы можете определить его собственную функцию, например,
<template id="my-test">
<div id="window-overlay" class="my-test" onclick="closeWindow()">
<div id="window" class="window" onclick="foo(event)">
<p>My Window</p>
</div>
</div>
</template>
function foo(e) {
e.stopPropagation();
// your stuff here ...
}
Надеюсь, это поможет!