нужно ли что-то делать в веб-приложении?
Да. Db2 использует другого поставщика, чем сервер sql. Поэтому прежде всего вам нужно найти и установить этого провайдера (он, вероятно, поставляется вместе с вашей установкой DB2 или доступен от IBM), а затем измените ссылки на пространство имен SqlClient, чтобы вместо них использовать IBM.Data.DB2. Кроме того, имена классов меняются. Так, например, SqlCommand типы должны быть обновлены для использования DB2Command. Эта ссылка должна помочь:
http://www.ibm.com/developerworks/data/library/techarticle/dm-0502alazzawe/
Кроме того, у каждого поставщика есть собственный диалект языка SQL. Некоторые идиомы из Sql Server просто будут работать по-другому при переходе на DB2. Вам придется переписать некоторые, если не большинство ваших запросов.