Пример 1 (установить права доступа к файлу для чтения и записи для владельца и группы и для чтения для других):
file_put_contents($filename, $data);
chmod($filename, 0664);
Пример 2 (сделать файл доступным для записи по группе без изменения других разрешений):
file_put_contents($filename, $data);
chmod($filename, fileperms($filename) | 16);
Пример 3 (сделать файл доступным для записи всеми без изменения других разрешений):
file_put_contents($filename, $data);
chmod($filename, fileperms($filename) | 128 + 16 + 2);
128, 16, 2 предназначены для записи для владельца, группы и других соответственно.