В чем проблема?Ваш код работает
λ python
Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from time import gmtime, strftime
>>> strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", gmtime())
'2019-02-14 13:56:02'
>>> strftime("%H:%M:%S", gmtime())
'13:56:16'
>>>
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Этот код отлично работает в терминале - как упоминалось @ForceBru, если вы запускаете его в скрипте, вам нужно будет использовать функцию печатидля отображения результата strftime
from time import gmtime, strftime
print(strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", gmtime()))
> '2019-02-14 13:56:02'
print(strftime("%H:%M:%S", gmtime()))
> '13:56:16'