Возможно, вы уже получили достаточно кода, чтобы не слышать этого, но вам не следует запускать два экземпляра одного и того же приложения. Есть причина, по которой вы находите это настолько трудным, и это потому, что Apple не хочет, чтобы вы это делали.
OSX способ сделать это - использовать шаблон Приложения на основе документов Cocoa в XCode. Документация Apple: выбор проекта.
Это то, к чему пользователи очень привыкли, и оно работает просто отлично. Программы FTP, клиенты IRC и многие другие типы уже используют разные окна «документы» для указания на разные серверы или каналы. В указании на разные базы данных нет ничего особенного.
В зависимости от того, сколько кода вы написали, и как разработано ваше приложение, это может быть практически невозможно реализовать без перезапуска. Однако разработчики, которые сталкиваются с этой проблемой на этапе проектирования, должны обязательно принять совет Apple.