Я думаю, вам нужно передать '--'
для флагов следующим образом.
bazel run --config=opt \
tensorflow/contrib/lite/toco:toco -- \
--input_file=/Users/dchealth/Desktop/mobilenet/frozen_graph.pb \
--output_file=/Users/dchealth/Desktop/mobilenet/frozen_graphnew.tflite \
--inference_type=FLOAT \
--input_type=FLOAT \
--input_shape=1,128,128,3 \
--input_arrays=input \
--output_arrays=MobilenetV1/Predictions/Reshape_1