Эхо 2 переменные в отдельных столбцах в Linux, Bash - PullRequest
Новая
       24

Эхо 2 переменные в отдельных столбцах в Linux, Bash

0 голосов
/ 09 декабря 2018

Я пытаюсь напечатать 2 переменные (Phaster_positions и GBKPositions) в соответствующем столбце.Я хочу, чтобы каждая из этих переменных была напечатана в столбцах, разделенных вкладкой.Вот что я получаю: 

Phaster_positions             GBKPositions  Phaster_positions  GBKPositions
371860-418565                 247..381
2947108-2988239               378..1781
4663633-4680174               1884..2987
5756724-5793879               3008..3103
5794433-5829445               3128..4405
6867447-6901202               4479..5081
5102..6229
6253..8670
complement(8742..9269)
complement(9583..10563)
complement(10560..12458)
complement(12455..13402)
complement(13973..15541)
complement(15881..16051)
16440..16814
complement(16858..18234)
complement(18254..18628)
complement(18710..20266)
complement(20317..22452)
complement(22888..23454)
complement(23474..25552)
complement(25557..26504)
26735..27631
complement(27655..29334)
29603..30559
complement(30534..31982)
complement(32016..33389)
complement(33391..34734)
complement(34736..35692)
complement(35761..36267)
36431..37459
37519..38688

Мне бы хотелось: 

Phaster_positions   GBKPositions

371860-418565       247..381
2947108-2988239     378.1781
4663633-4680174     etc
5756724-5793879     etc
5794433-5829445     etc
6867447-6901202     etc

Мой скрипт: 

#!/bin/bash

printf "Phaster_positions\n\n">gbk31.txt
printf "GBKPositions\n\n">gbk32.txt

PhasterPositions=`awk '$2~/[0-9]Kb/{print ($5)}' CP000155.phaster`
GBKPositions=`awk '$1~/CDS/{print ($2)}' CP000155.gbk`

echo -e "$PhasterPositions">>gbk31.txt
echo -e "$GBKPositions">>gbk32.txt

joined=`paste gbk31.txt gbk32.txt | column -s $'\t' -t`
echo -e "$joined">> gbkfinal.txt

Исходный файл для 1-й переменной: 

gi|00000000|ref|NC_000000|  Hahella chejuensis KCTC 2396, complete genome. .7215267, gc%: 53.87%
                                  REGION         REGION_LENGTH            COMPLETENESS(score)           SPECIFIC_KEYWORD                             REGION_POSITION          TRNA_NUM                 TOTAL_PROTEIN_NUM       PHAGE_HIT_PROTEIN_NUM            HYPOTHETICAL_PROTEIN_NUM         PHAGE+HYPO_PROTEIN_PERCENTAGE    BACTERIAL_PROTEIN_NUM            ATT_SITE_SHOWUP                  PHAGE_SPECIES_NUM                MOST_COMMON_PHAGE_NAME(hit_genes_count)    FIRST_MOST_COMMON_PHAGE_NUM      FIRST_MOST_COMMON_PHAGE_PERCENTAGE   GC_PERCENTAGE                 
                                 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                  1              46.7Kb                   questionable(80)              head,terminase,tail,capsid,recombinase       371860-418565            0                        38                      27                               8                                92.1%                            3                                yes                              10                               PHAGE_Pseudo_phi3_NC_030940(17),PHAGE_Aeromo_phiO18P_NC_009542(15),PHAGE_Haemop_HP1_NC_001697(11),PHAGE_Pasteu_F108_NC_008193(9),PHAGE_Vibrio_8_NC_022747(8),PHAGE_Vibrio_K139_NC_003313(8),PHAGE_Haemop_HP2_NC_003315(7),PHAGE_Phormi_MIS_PhV1A_NC_029032(3),PHAGE_Ralsto_RSY1_NC_025115(3),PHAGE_Burkho_KS14_NC_015273(2),PHAGE_Entero_186_NC_001317(2),PHAGE_Entero_N15_NC_001901(1),PHAGE_Salmon_SEN1_NC_029003(1),PHAGE_Mannhe_vB_MhM_587AP1_NC_028898(1),PHAGE_Salmon_RE_2010_NC_019488(1),PHAGE_Vibrio_vB_VpaM_MAR_NC_019722(1),PHAGE_Klebsi_phiKO2_NC_005857(1),PHAGE_Burkho_KS5_NC_015265(1),PHAGE_Pseudo_YuA_NC_010116(1),PHAGE_Vibrio_VP882_NC_009016(1),PHAGE_Mannhe_phiMHaA1_NC_008201(1),PHAGE_Pseudo_MP1412_NC_018282(1),PHAGE_Stenot_Smp131_NC_023588(1),PHAGE_Pseudo_JG004_NC_019450(1),PHAGE_Bdello_phi1422_NC_019525(1),PHAGE_Salmon_Fels_2_NC_010463(1),PHAGE_Bacill_G_NC_023719(1),PHAGE_Pseudo_phiCTX_NC_003278(1),PHAGE_Psychr_Psymv2_NC_023734(1),PHAGE_Entero_fiAA91_ss_NC_022750(1),PHAGE_Escher_pro483_NC_028943(1),PHAGE_Burkho_KL3_NC_015266(1)   16                               44.73%                           55.35%                        
                                  2              41.1Kb                   intact(120)                   integrase,head,recombinase,capsid,tail       2947108-2988239          1                        53                      23                               28                               96.2%                            2                                yes                              18                               PHAGE_Pseudo_phi2_NC_030931(10),PHAGE_Entero_lambda_NC_001416(4),PHAGE_Pseudo_F10_NC_007805(4),PHAGE_Escher_vB_EcoM_ECO1230_10_NC_027995(3),PHAGE_Entero_N15_NC_001901(3),PHAGE_Burkho_AH2_NC_018283(3),PHAGE_Shewan_1/44_NC_025463(2),PHAGE_Achrom_phiAxp_2_NC_029106(2),PHAGE_Vibrio_VvAW1_NC_020488(2),PHAGE_Burkho_BcepNazgul_NC_005091(2),PHAGE_Entero_Arya_NC_031048(2),PHAGE_Entero_mEp460_NC_019716(2),PHAGE_Entero_HK630_NC_019723(2),PHAGE_Vibrio_X29_NC_024369(2),PHAGE_Escher_vB_EcoM_ep3_NC_025430(1),PHAGE_Salmon_phiSG_JL2_NC_010807(1),PHAGE_Rueger_DSS3_P1_NC_025428(1),PHAGE_Shigel_SfIV_NC_022749(1),PHAGE_Klebsi_phiKO2_NC_005857(1),PHAGE_Shigel_Ss_VASD_NC_028685(1),PHAGE_Entero_SfV_NC_003444(1),PHAGE_Marino_P12026_NC_018269(1),PHAGE_Entero_HK629_NC_019711(1),PHAGE_Entero_phi80_NC_021190(1),PHAGE_Entero_BP_4795_NC_004813(1),PHAGE_Burkho_BcepIL02_NC_012743(1),PHAGE_Vibrio_VP882_NC_009016(1),PHAGE_Entero_VT2phi_272_NC_028656(1),PHAGE_Phage_Gifsy_1_NC_010392(1),PHAGE_Bdello_phi1422_NC_019525(1),PHAGE_Vibrio_VpKK5_NC_026610(1),PHAGE_Pectob_ZF40_NC_019522(1),PHAGE_Ralsto_RS138_NC_029107(1),PHAGE_Entero_mEp237_NC_019704(1),PHAGE_Salico_CGphi29_NC_020844(1),PHAGE_Entero_HK225_NC_019717(1),PHAGE_Bacill_Slash_NC_022774(1),PHAGE_Rhodob_RcapNL_NC_020489(1),PHAGE_Pseudo_F116_NC_006552(1),PHAGE_Escher_80001_NC_027387(1),PHAGE_Salmon_FSLSP088_NC_021780(1),PHAGE_Pseudo_PPpW_3_NC_023006(1),PHAGE_Vibrio_vB_VpaM_MAR_NC_019722(1),PHAGE_Synech_S_CBS1_NC_016164(1),PHAGE_Burkho_KS14_NC_015273(1),PHAGE_Stenot_S1_NC_011589(1),PHAGE_Escher_TL_2011c_NC_019442(1),PHAGE_Entero_186_NC_001317(1),PHAGE_Entero_cdtI_NC_009514(1),PHAGE_Burkho_DC1_NC_018452(1),PHAGE_Bacter_Lily_NC_028841(1),PHAGE_Burkho_BcepMigl_NC_019917(1),PHAGE_Salmon_iEPS5_NC_021783(1),PHAGE_Erwini_vB_EamP_L1_NC_019510(1),PHAGE_Escher_P13374_NC_018846(1),PHAGE_Vibrio_SIO_2_NC_016567(1)   4                                18.86%                           53.18%                        
                                  3              16.5Kb                   intact(110)                   tail,head,capsid,terminase                   4663633-4680174          0                        17                      12                               5                                100%                             0                                no                               10                               PHAGE_Salmon_ST64B_NC_004313(3),PHAGE_Entero_phiP27_NC_003356(3),PHAGE_Burkho_phi6442_NC_009235(3),PHAGE_Burkho_phiE125_NC_003309(3),PHAGE_Burkho_phi1026b_NC_005284(3),PHAGE_Entero_SfV_NC_003444(2),PHAGE_Entero_HK140_NC_019710(2),PHAGE_Salmon_118970_sal3_NC_031940(2),PHAGE_Strept_phiSASD1_NC_014229(2),PHAGE_Salmon_118970_sal3_NC_031940(2),PHAGE_Idioma_1N2_2_NC_025439(1),PHAGE_Shigel_SfIV_NC_022749(1),PHAGE_Entero_mEp235_NC_019708(1),PHAGE_Mannhe_vB_MhS_1152AP2_NC_028956(1),PHAGE_Vibrio_12B8_NC_021073(1),PHAGE_Mycoba_Lockley_NC_011021(1),PHAGE_Entero_HK022_NC_002166(1),PHAGE_Entero_mEp390_NC_019721(1),PHAGE_Entero_BP_4795_NC_004813(1),PHAGE_Marino_P12026_NC_018269(1),PHAGE_Colwel_9A_NC_018088(1),PHAGE_Vibrio_VpKK5_NC_026610(1),PHAGE_Clostr_phiCD6356_NC_015262(1),PHAGE_Entero_HK542_NC_019769(1),PHAGE_Entero_IME_EFm5_NC_028826(1),PHAGE_Geobac_E2_NC_009552(1),PHAGE_Entero_IME_EFm1_NC_024356(1),PHAGE_Burkho_KS9_NC_013055(1),PHAGE_Pseudo_Pq0_NC_029100(1),PHAGE_Rhizob_vB_RleS_L338C_NC_023502(1),PHAGE_Entero_SfI_NC_027339(1),PHAGE_Geobac_GBK2_NC_023612(1),PHAGE_Shigel_SfII_NC_021857(1),PHAGE_Rhodoc_REQ1_NC_016655(1),PHAGE_Burkho_Bcep176_NC_007497(1),PHAGE_Entero_mEpX2_NC_019705(1),PHAGE_Mycoba_MOOREtheMARYer_NC_028791(1)   3                                17.64%                           58.49%                        
                                  4              37.1Kb                   questionable(90)              tail,virion,capsid,portal,terminase          5756724-5793879          0                        30                      22                               4                                86.6%                            4                                no                               15                               PHAGE_Pseudo_JBD93_NC_030918(5),PHAGE_Pseudo_M6_NC_007809(5),PHAGE_Pseudo_YuA_NC_010116(4),PHAGE_Pseudo_PAE1_NC_028980(4),PHAGE_Pseudo_JBD24_NC_020203(4),PHAGE_Pseudo_vB_PaeS_PAO1_Ab30_NC_026601(3),PHAGE_Vibrio_vB_VpaM_MAR_NC_019722(3),PHAGE_Synech_S_CBS1_NC_016164(3),PHAGE_Vibrio_VHML_NC_004456(3),PHAGE_Vibrio_VP58.5_NC_027981(3),PHAGE_Pseudo_MP1412_NC_018282(3),PHAGE_Pseudo_DMS3_NC_008717(2),PHAGE_Stenot_vB_SmaS_DLP_2_NC_029019(2),PHAGE_Synech_S_CBS3_NC_015465(2),PHAGE_Pseudo_PaMx11_NC_028770(2),PHAGE_Rhizob_RR1_A_NC_021560(2),PHAGE_Pseudo_MP38_NC_011611(2),PHAGE_Pseudo_vB_PaeS_PAO1_Ab18_NC_026594(2),PHAGE_Pseudo_PaMx28_NC_028931(2),PHAGE_Vibrio_SIO_2_NC_016567(2),PHAGE_Rueger_DSS3_P1_NC_025428(1),PHAGE_Klebsi_phiKO2_NC_005857(1),PHAGE_Cellul_phi18:3_NC_021794(1),PHAGE_Shewan_1/44_NC_025463(1),PHAGE_Achrom_phiAxp_2_NC_029106(1),PHAGE_Pseudo_vB_Pae_Kakheti25_NC_017864(1),PHAGE_Vibrio_12A10_NC_029067(1),PHAGE_Pseudo_vB_PaeS_PM105_NC_028667(1),PHAGE_Pseudo_vB_PaeS_SCH_Ab26_NC_024381(1),PHAGE_Cellul_phi46:3_NC_021792(1),PHAGE_Vibrio_12B3_NC_021067(1),PHAGE_Ralsto_RS138_NC_029107(1),PHAGE_Salmon_SSU5_NC_018843(1),PHAGE_Vibrio_12B12_NC_021070(1),PHAGE_Cellul_phi39:1_NC_021804(1),PHAGE_Pseudo_phiMK_NC_031110(1),PHAGE_Pseudo_73_NC_007806(1),PHAGE_Pseudo_PaMx74_NC_028809(1),PHAGE_Pseudo_MP22_NC_009818(1),PHAGE_Rhizob_vB_RleS_L338C_NC_023502(1),PHAGE_Pseudo_PaMx42_NC_028879(1),PHAGE_Burkho_phi6442_NC_009235(1),PHAGE_Stenot_S1_NC_011589(1),PHAGE_Pseudo_B3_NC_006548(1),PHAGE_Pseudo_D3112_NC_005178(1),PHAGE_Bacter_Lily_NC_028841(1),PHAGE_Burkho_phiE125_NC_003309(1),PHAGE_Vibrio_X29_NC_024369(1),PHAGE_Burkho_AH2_NC_018283(1)   3                                16.66%                           56.85%                        
                                  5              35Kb                     incomplete(50)                capsid,integrase                             5794433-5829445          0                        18                      10                               3                                72.2%                            5                                yes                              9                                PHAGE_Entero_JenP1_NC_029028(2),PHAGE_Entero_CAjan_NC_028776(2),PHAGE_Entero_JenP2_NC_028997(2),PHAGE_Psychr_pOW20_A_NC_020841(1),PHAGE_Idioma_1N2_2_NC_025439(1),PHAGE_Burkho_BcepGomr_NC_009447(1),PHAGE_Strept_MM1_NC_003050(1),PHAGE_Strept_EJ_1_NC_005294(1),PHAGE_Mycoba_Milly_NC_026598(1),PHAGE_Entero_JenK1_NC_029021(1),PHAGE_Mycoba_Cheetobro_NC_028979(1),PHAGE_Strept_phiARI0746_NC_031907(1),PHAGE_Salico_CGphi29_NC_020844(1),PHAGE_Gordon_Wizard_NC_030913(1),PHAGE_Entero_phiFL3A_NC_013648(1),PHAGE_Mycoba_Phelemich_NC_022063(1),PHAGE_Deep_s_D6E_NC_019544(1),PHAGE_Verruc_P8625_NC_029047(1),PHAGE_Pseudo_PPpW_3_NC_023006(1),PHAGE_Bacill_TP21_L_NC_011645(1),PHAGE_Aurant_AmM_1_NC_027334(1),PHAGE_Bacill_BM5_NC_029069(1),PHAGE_Burkho_phiE12_2_NC_009236(1),PHAGE_Bacill_phi105_NC_004167(1),PHAGE_Bacill_BMBtp2_NC_019912(1),PHAGE_Escher_slur01_NC_028831(1),PHAGE_Mycoba_ZoeJ_NC_024147(1),PHAGE_Mycoba_Acadian_NC_023701(1),PHAGE_Thermo_THSA_485A_NC_018264(1),PHAGE_Entero_phiFL1A_NC_013646(1),PHAGE_Lactob_Lj771_NC_010179(1),PHAGE_Mycoba_Baee_NC_028742(1)   2                                11.11%                           49.25%                        
                                  6              33.7Kb                   questionable(80)              recombinase,capsid,terminase,tail,head       6867447-6901202          0                        37                      26                               7                                89.1%                            4                                yes                              7                                PHAGE_Pseudo_phi3_NC_030940(19),PHAGE_Aeromo_phiO18P_NC_009542(17),PHAGE_Haemop_HP1_NC_001697(10),PHAGE_Pasteu_F108_NC_008193(9),PHAGE_Vibrio_8_NC_022747(9),PHAGE_Vibrio_K139_NC_003313(9),PHAGE_Haemop_HP2_NC_003315(8),PHAGE_Ralsto_RSY1_NC_025115(3),PHAGE_Burkho_KS14_NC_015273(2),PHAGE_Burkho_KS5_NC_015265(2),PHAGE_Salmon_Fels_2_NC_010463(2),PHAGE_Ralsto_RSA1_NC_009382(1),PHAGE_Phormi_MIS_PhV1A_NC_029032(1),PHAGE_Entero_N15_NC_001901(1),PHAGE_Salmon_RE_2010_NC_019488(1),PHAGE_Vibrio_vB_VpaM_MAR_NC_019722(1),PHAGE_Halomo_phiHAP_1_NC_010342(1),PHAGE_Klebsi_phiKO2_NC_005857(1),PHAGE_Vibrio_VP882_NC_009016(1),PHAGE_Bdello_phi1422_NC_019525(1),PHAGE_Entero_186_NC_001317(1),PHAGE_Pseudo_phiCTX_NC_003278(1),PHAGE_Entero_fiAA91_ss_NC_022750(1),PHAGE_Haemop_SuMu_NC_019455(1),PHAGE_Burkho_KL3_NC_015266(1)   18                               51.35%                           55.42%

Исходный файл для второй переменной (это очень большой файл): 

     source          1..7215267
                     /organism="Hahella chejuensis KCTC 2396"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="KCTC 2396"
                     /db_xref="taxon:349521"
     gene            247..381
                     /locus_tag="HCH_00001"
     CDS             247..381
                     /locus_tag="HCH_00001"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="ABC26924.1"
                     /translation="MGFGHRVLFSLKNINIRFSLYIESRRLKFAQKKSKHVRILEVWK
                     "
     gene            378..1781
                     /gene="dnaA"
                     /locus_tag="HCH_00002"
     CDS             378..1781
                     /gene="dnaA"
                     /locus_tag="HCH_00002"
                     /note="TIGRFAMsMatches:TIGR00362"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="chromosomal replication initiator protein DnaA"
                     /protein_id="ABC26925.1"
                     /translation="MTSELWHQCLGYLEDELPAQQFNTWLRPLQAKGSEEELLLFAPN
                     RFVLDWVNEKYIGRINEILSELTSQKAPRISLKIGSITGNSKGQQASKDSAVGATRTT
                     APSRPVIADVAPSGERNVTVEGAIKHESYLNPTFTFETFVEGKSNQLARAAAMQVADN
                     PGSAYNPLFLYGGVGLGKTHLMQAVGNAIFKKNPNAKILYLHSERFVADMVKALQLNA
                     FNEFKRLYRSVDALLIDDIQFFARKERSQEEFFHTFNALLEGGQQMILTCDRYPKEID
                     HMEERLKSRFGWGLTVMVEPPELETRVAILMKKAEQANVHLSSESAFFIAQKIRSNVR
                     ELEGALKLVIANAHFTGQEITPAFIRECLKDLLALHEKQVSIDNIQRTVAEYYKIRIA
                     DILSKRRTRSITRPRQMAMALAKELTNHSLPEIGEAFGGRDHTTVLHACKVMIELQQS
                     DPTLRDDYQNFMRMLTS"
     gene            1884..2987
                     /gene="dnaN"
                     /locus_tag="HCH_00003"
     CDS             1884..2987
                     /gene="dnaN"
                     /locus_tag="HCH_00003"
                     /EC_number="2.7.7.7"
                     /note="TIGRFAMsMatches:TIGR00663"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="DNA polymerase III, beta subunit"
                     /protein_id="ABC26926.1"
                     /translation="MKLTITREALVTSLQMISGVVEKRQTMPVLANVLLDARDGKLVI
                     TGTNMEVELVAEISDVNIEHESRITVPAKKFTDICRALPEGAAIGIELKDGRLNVRYG
                     SSHFILSTLPAEHFPNVEEEPESVKVTLPQRELKRLIDATAFAMAQQDVRYYLNGMLM
                     ELDEQGLRTVATDGHRLALANVSLQTGVSEKRQPIVPRKGILELGRLLNDTDESCTLV
                     FGDNHVRASVGHFTFTSKLIDGKFPDYQRVIPRSGDKVMLADRVLLKGVLSRASILSH
                     ESIRGVRLQFEEGLLKVFANNPDQEEAEDSLEVEYPHEALQIGFNVGYLIDVLNALDD
                     EQVKVTLSNANSSALVEGVDTRDAVYVVMPMRL"
     gene            3008..3103
                     /locus_tag="HCH_00004"
     CDS             3008..3103
                     /locus_tag="HCH_00004"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="ABC26927.1"
                     /translation="MNLFELERSRRVARSGMTLGKDVSPLNADRV"
     gene            3128..4405
                     /gene="aarF"
                     /locus_tag="HCH_00005"
     CDS             3128..4405
                     /gene="aarF"
                     /locus_tag="HCH_00005"
                     /note="Predicted unusual protein kinase; COG0661"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="ABC1 family protein kinase"
                     /protein_id="ABC26928.1"
                     /translation="MGKIVNAVKGAARIGQTAAVISKVGLGWLKGNRAPAPRLLRQTF
                     EELGATYIKLGQFIASSPTFFPADYVEEFQLCLDKTKPLPYSQIEKILKEEFKRPLQS
                     IYSHIDTKPLASASIAQVHAARLVTGEDVVIKVQKPGVRNVLLTDLNFLYVAARVVEY
                     LAPKLSWTSLSGIVEEIQRTMMEECDFYQEAANLKEFREFLVSSGNDQAVVPTVYEQA
                     STMRVLTMERFYGVPLTDLETIRKYCSDPEKTLITAMNTWFASLTQCDFFHADVHAGN
                     LMVLEDGRIGFIDFGIVGRIGAGTWQAVSDFITAIMMGNFHGMADAMSRIGITKSQLS
                     VDDLAADIADVYKKMDAMTPDMPPIYYDQQTGDDEVNNILMDLVRIGEQHGLHFPREF
                     ALLLKQFLYFDRYVHVLAPELDMFMDERLSLIQ"

Ответы [ 3 ]

0 голосов
/ 09 декабря 2018

Вам нужно отделить и назвать все операции, которые вы хотите сделать с вашими данными.Затем найдите эквивалентные команды UNIX.Большинство инструментов UNIX работают по строкам, а не по столбцам, поэтому полезно научиться мыслить строками;) И пожалуйста не воспринимайте bash как обычный язык программирования, это скорее клейвсе инструменты вместе - то есть не назначайте потенциально большие данные переменным.

Вы хотите извлечь столбец из двух файлов (awk), а затем вставить оба извлеченных столбца вместе в вывод (paste)), разделенных \t (вставка использует \t по умолчанию), которому предшествует строка заголовка.Вы можете создать два промежуточных файла или использовать подстановку оболочки. 

paste\
  <( <CP000155.phaster awk '$2~/[0-9]Kb/{print ($5)}' )\
  <( <CP000155.gbk awk '$1~/CDS/{print ($2)}' ) |
(echo -e 'Phaster_positions\tGBKPositions'; cat) \
> gbk3.txt

РЕДАКТИРОВАТЬ: при просмотре исходных данных это, вероятно, приведет к желаемому формату файла, но не к правильным данным.Вы должны убедиться, что третья строка, идущая от первой awk, точно соответствует третьей строке, идущей от второй awk.Ваши данные, вероятно, необходимо объединить с помощью join с использованием уникальных идентификаторов.

0 голосов
/ 09 декабря 2018

Я не начал тщательно разбирать эти файлы, в основном взял части из вашего кода, связал их с одним скриптом и добавил хеширование и вывод: 

$ awk -v OFS="\t" '        # tab as output delimiter
NR==FNR && $2~/[0-9]Kb/ {  # process the first file (with a condition)
    a[++i]=$5              # hash $5 to a
    next                   # process next record
}
$1~/CDS/ {                 # process the second file (with a condition)
    b[++j]=$2              # hash $2 to b
}
END {
    print "Phaster_positions","GBKPositions"
    if(i>=j)               # was there more is or js
        n=i                # take the bigger value and use it...
    else 
        n=j
    for(i=1;i<=n;i++)      # ... here
        print a[i],b[i]    # output side by side
}' first second

Вывод: 

Phaster_positions       GBKPositions
371860-418565   247..381
2947108-2988239 378..1781
4663633-4680174 1884..2987
5756724-5793879 3008..3103
5794433-5829445 3128..4405
6867447-6901202

Имеет ли это какой-то смысл?Он хранит совпадения файла 1 с a хешем, а совпадения файла 2 с b.Если данных много, вам может не хватить памяти.Если это так, сообщите об этом, и мы предложим вам другое решение.

Обновление :

В этом файле сохраняются только файлы с 1 по aи очищает его при выводе файла 2: 

awk '
BEGIN {
    OFS="\t"               # the output field separator
    print "Phaster_positions","GBKPositions"  # output the header
}
NR==FNR && $2~/[0-9]Kb/ {  # process the first file (with a condition)
    a[++i]=$5              # hash $5 to a
    next                   # process next record
}
$1~/CDS/ {                 # process the second file (with a condition)
    print ((++j in a)?a[j]:"") OFS $2  # output from a if exists and $2
    delete a[j]            # delete after output
}
END {
    for(j=1;j<=i;j++)      # stupid loop
        if(j in a)         # if there are any left in a
        print a[j] OFS     # output them
}' first second

Не проверено в бою, и цикл for в END глуп.

0 голосов
/ 09 декабря 2018 
printf "Phaster_positions\tGBKPositions\n\n">gbk3.txt

PhasterPositions=`awk '$2~/[0-9]Kb/{print ($5)}' CP000155.phaster`
GBKPositions=`awk '$1~/CDS/{print ($2)}' CP000155.gbk`

printf "$PhasterPositions\t$GBKPositions">>gbk3.txt

Посмотрите, будет ли это работать

...