Я использую conda 4.5.11.У меня возникают проблемы при сбросе переменной PATH к исходному значению при выходе из среды conda.
Я создал файл в
$CONDA_PREFIX/etc/conda/deactivate.d/env_vars.sh
, содержащий следующие инструкции:
export PATH=/projects/novabreed/share/anaconda-3/envs/strain/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/r/3.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/compilers/gcc/4.9.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/curl/7.53.1/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/pcre/8.40/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/xz/5.2.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/bzip2/1.0.6/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/zlib/1.2.11/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/java/jdk1.8.0_74/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/python/2.7.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/fftw/3.3.2/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/openmpi/1.6.1/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/atlas/3.10.0/bin:
/opt/local/bin:/opt/cluster/bin:/home/marroni/.local/stow/bin:
/home/marroni/.local/bin:/opt/local/bin:/opt/cluster/bin:
/home/marroni/.local/stow/bin:/home/marroni/.local/bin/:
/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:
/projects/novabreed/share/anaconda-3/bin
echo "Ciao!"
Путь - это тот, который я хочу восстановить (очищен от определенных для среды путей).Кроме того, я также добавил глупую команду печати, чтобы проверить, выполняется ли скрипт при выходе.При выходе с помощью команды
source deactivate
Сценарий выполняется (или, по крайней мере, выдает «Ciao!»), Но для среды все еще задано значение, специфичное для среды (показано ниже).
/projects/novabreed/share/anaconda-3/envs/strain/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/r/3.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/compilers/gcc/4.9.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/curl/7.53.1/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/pcre/8.40/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/xz/5.2.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/bzip2/1.0.6/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/zlib/1.2.11/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/java/jdk1.8.0_74/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/python/2.7.3/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/fftw/3.3.2/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/openmpi/1.6.1/bin:
/iga/stratocluster/packages/lib/atlas/3.10.0/bin:
/opt/local/bin:/opt/cluster/bin:/home/marroni/.local/stow/bin:
/home/marroni/.local/bin:/opt/local/bin:/opt/cluster/bin:
/home/marroni/.local/stow/bin:/home/marroni/.local/bin/:
/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:
/projects/novabreed/share/anaconda-3/bin:
/projects/novabreed/share/mvidotto/bioinfotree/binary/appliedgenomics/local/stow/samtools-1.3/bin:
/projects/novabreed/share/mvidotto/bioinfotree/binary/appliedgenomics/local/stow/bedtools-2.26.0/bin:
/iga/scripts/packages/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64:
/projects/novabreed/share/mvidotto/bioinfotree/binary/appliedgenomics/local/stow/velvet_1.2.10_CAT57_MAXKL127_BIGASS1_OPENMP1/bin:/pro
jects/novabreed/share/mvidotto/bioinfotree/binary/appliedgenomics/local/stow/ncbi-blast-2.6.0+/bin:
/iga/stratocluster/packages/lang/r/3.3/bin:/projects/novabreed/share/software/SPAdes-3.13.0-Linux/bin/
Однако я заметил, что если я вручную выполню команду
source $CONDA_PREFIX/etc/conda/deactivate.d/env_vars.sh
Путь сбрасывается до правильного значения.Итак, на данный момент я просто выполняю сценарий деактивации вручную, но я знаю, что это не очень хороший способ.
Что я делаю не так?Кто-нибудь может мне помочь?