Итак, XML-файл, который я пытался импортировать в QGIS, был уже правильным.Использование команды GDAL
gdalinfo --debug on mapboxTMS.xml
вернуло согласованный вывод.
Кроме того, использование команды gdal_translate привело к правильному извлечению области, что было именно той растровой операцией, которую я хотел выполнить.В моем случае я использовал это следующим образом:
gdal_translate -projwin 1499373.73124 3010255.99556 1499925.16592 3009716.74729 -of GTiff mapboxTMS.xml result.tif
Так что проблема на самом деле, кажется, на стороне QGIS.Согласно этому ответу это, вероятно, вызвано тем, что драйвер GDAL WMS не работает должным образом с QGIS.