Git не "сохраняет" пустые папки.У вас должен быть хотя бы один файл внутри папки.
Похоже, у вас есть .gitignore
или любой другой файл внутри папки.
перейдите в вашу папку и сделайте следующее:
# print the list of files in this folder
cd <folder>
Windows: dir
Unix: ls -la
Как посмотреть, какие файлы добавит git?
# cd <folder>
git status
Теперь вы увидите файлы из этой папки и ее дочерние элементы, которые будут добавлены в git при выполнении git add .