Похоже, что вам нужно будет приобрести проприетарную библиотеку, чтобы сделать это, поскольку сама Java не разрешает доступ к COM. Еще один похожий вопрос (только о Flash в Java) можно найти здесь , и несколько коммерческих решений были перечислены.
Я должен отметить, что каким бы маршрутом вы ни выбрали, вам следует оптимально попытаться найти библиотеку, которая обеспечивает доступ к элементу управления Internet Explorer, а не только к Flash или Adobe Reader. Это связано с тем, что, получив доступ к элементу IE, вы можете предоставить ему URL (даже если это локальный файл) документа .swf или .pdf, и он автоматически загрузит соответствующий плагин для каждого (я использовал этот ярлык один раз для личного проекта C ++, в котором мне нужно было загрузить несколько различных элементов управления ActiveX). Похоже, что библиотека EasyJCom по вышеуказанной ссылке предоставляет такой доступ к встроенному элементу управления IE.