DirectoryServices
можно использовать для подключения к IIS и создания виртуальных каталогов.
Я нашел этот бит сценария на Codersource.net , который использовался для создания виртуального каталога:
public void CreateNewVirtualDirectory(int ServerId, string VirtualDirName, string Path, bool AccessScript){
DirectoryEntry Parent = new DirectoryEntry(@"IIS://localhost/W3SVC/" + ServerId.ToString() + "/Root");
DirectoryEntry NewVirtualDir;
NewVirtualDir = Parent.Children.Add(VirtualDirName, "IIsWebVirtualDir");
NewVirtualDir.Properties["Path"][0] = Path;
NewVirtualDir.Properties["AccessScript"][0] = AccessScript;
NewVirtualDir.CommitChanges();
}
Также нашел пример в ASP.NET, как вы и хотели. См. Этот блог для получения дополнительной информации и загружаемого кода.