WINVER определяет минимальный SDK платформы, необходимый для сборки вашего приложения, который, в свою очередь, определяет во время компиляции, какие подпрограммы найдены заголовками.
Вы можете использовать это для проверки, во время компиляции, что ваше приложение будет работать, например, в Windows 2000 (0x0500) или в Windows XP (0x0501).
Страница MSDN на Изменение WINVER и _WIN32_WINNT более подробно описывает это.