Ваш span#buttons
находится вне тега a#Menu
, но для правильной работы он должен быть внутри ... Кроме того, к вашему сведению, лучше использовать класс для обозначения кнопок, чтобы избежать возможного дублирования довольно общегоID buttons
в будущем.
<a href="#Menu" id="menu">
☰
<span class="menu-buttons">
</span>
</a>
И CSS будет выглядеть так:
#menu:target .menu-buttons {
dipslay: flex;
}