Я думаю, что вам нужно присоединиться как к магазину, так и к владельцу, а затем COUNT (DISTINCT item_id)
select
st.owner_id,
st.stores_id,
count(distinct se.item_id)
from stores st left join
sets se
on st.owner_id = se.owner_id
and st.stores_id = se.stores_id
group by st.owner_id, st.stores_id;
. Это даст таблицу, которая показывает владельца, магазин, а затем номерпредметов