Хорошо, я пробежался по небольшому количеству статей, в которых объясняется, как я могу получить результат ввода пользователя.
Итак, я переключил свой код на это:
def Quit(self, e):
suremsg = wx.MessageDialog(None, "Are you sure you want to close the program?","Are you sure?", wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION)
result = suremsg.ShowModal()
if result == wx.ID_YES:
self.Close()
else:
suremsg.Destroy()
И это сработало как шарм!