eyeD3 (http://eyed3.nicfit.net/),, как предложено Arboghast, выполнит эту работу.
eyeD3 --add-image file.jpg:FRONT_COVER music.mp3
добавит обложку альбома (это то, что iTunes / iPhone использует для изображения).
eyeD3 --add-image :FRONT_COVER music.mp3
удалит последнее изображение передней обложки. (Обратите внимание, что если вы хотите заменить изображение [например, вы исправили изображение], вам нужно удалить изображение, а затем добавить его. Если вы просто добавите изображение снова, вы получите несколько изображений передней обложки.)