Взгляните на базовые мастер-страницы Хизер Соломон , они обеспечивают отличную отправную точку для создания собственного мастера.
Что касается более тонких страниц, да, вы можете не использовать большую часть CSS / JS, связанных с sharepoint, если вы используете свой собственный мастер (то есть для публикации веб-сайтов и т. Д.).
Что касается первого вопроса, да, вы можете интегрировать Sharepoint в приложения ASP.NET, используя либо веб-сервисы (когда сайт asp.net находится на другом компьютере, чем sharepoint), либо объектную модель SharePoint (предоставленная вами ссылка) ) если оба приложения находятся на одном компьютере (объектная модель Sharepoint (microsoft.sharepoint.dll и т. д.) не позволяет использовать их с любого другого компьютера / фермы, кроме того, на котором находится сайт, который вы пытаетесь использовать) .
P.S. это пространство имен не является даже половиной, когда вы запускаете MOSS вместо WSS. Добро пожаловать в мир SharePoint: -D.