ggplot dotplot: Как правильно использовать geom_dotplot?

Question

Моя цель - воспроизвести эту цифру [ref] с ggplot2 (автор: Хэдли Уикхем).

Вот мои усилия, основанные на geom_point и некрасивой подготовке данных (см. Код ниже):

Как я мог это сделатьчто с geom_dotplot()?

В моих попытках я столкнулся с несколькими проблемами: (1) сопоставить плотность по умолчанию, создаваемую geom_dotplot с количеством, (2) отрезать ось, (3) неесть неожиданные дыры.Я сдался и взломал geom_point() вместо этого.

Я ожидал (и все еще надеюсь), что это будет так же просто, как

ggplot(data, aes(x,y)) + geom_dotplot(stat = "identity")

, но нет.Итак, вот что я попробовал, и вывод:

# Data
df <- structure(list(x = c(79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105), y = c(1, 0, 0, 2, 1, 2, 7, 3, 7, 9, 11, 12, 15, 8, 10, 13, 11, 8, 9, 2, 3, 2, 1, 3, 0, 1, 1)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -27L))

# dotplot based on geom_dotplot
geom_dots <- function(x, count, round = 10, breaks = NULL, ...) {
    require(ggplot2)
    n = sum(count) # total number of dots to be drawn
    b = round*round(n/round) # prettify breaks
    x = rep(x, count) # make x coordinates for dots
    if (is.null(breaks))  breaks = seq(0, 1, b/4/n)
    ggplot(data.frame(x = x), aes(x = x)) +
        geom_dotplot(method = "histodot", ...) +
        scale_y_continuous(breaks = breaks, 
                        #limits = c(0, max(count)+1), # doesn't work
                        labels = breaks * n) 
} 

geom_dots(x = df$x, count = df$y) 

# dotplot based on geom_point
ggplot_dot <- function(x, count, ...) {
    require(ggplot2)
    message("The count variable must be an integer")
    count = as.integer(count) # make sure these are counts
    n = sum(count) # total number of dots to be drawn
    x = rep(x, count) # make x coordinates for dots
    count = count[count > 0]  # drop zero cases 
    y = integer(0)  # initialize y coordinates for dots
    for (i in seq_along(count)) 
        y <- c(y, 1:(count[i]))  # compute y coordinates
    ggplot(data.frame(x = x, y = y), aes(x = x, y = y)) +
        geom_point(...)  # draw one dot per positive count
}

ggplot_dot(x = df$x, count = df$y, 
    size = 11, shape = 21, fill = "orange", color = "black") + theme_gray(base_size = 18)
# ggsave("dotplot.png") 
ggsave("dotplot.png", width = 12, height = 5.9)

Краткий случайный комментарий: С решением geom_point() сохранение графика включает в себя точную настройку размеров, чтобы гарантировать, что точки соприкасаются (обаразмер точки и высота / ширина графика).С помощью решения geom_dotplot() я округлил этикетки, чтобы они стали красивее.К сожалению, мне не удалось обрезать ось примерно на 100: использование limits() или coord_cartesian() приводит к изменению масштаба всего графика, а не к разрезу.Также обратите внимание, что для использования geom_dotplot() я создал вектор данных, основанный на подсчете, поскольку я не мог напрямую использовать переменную count (я ожидал, что stat="identity" сделает это, но не смог заставить его работать).

Answer 1

По совпадению, я также провел прошлый день, борясь с geom_dotplot() и пытаясь заставить его показать счет.Я не придумал, как заставить ось y показывать действительные числа, но я нашел способ обрезать ось y.Как вы упомянули, coord_cartesian() и limits не работают, но coord_fixed() работает, поскольку оно обеспечивает соотношение единиц x: y:

library(tidyverse)
df <- structure(list(x = c(79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105), y = c(1, 0, 0, 2, 1, 2, 7, 3, 7, 9, 11, 12, 15, 8, 10, 13, 11, 8, 9, 2, 3, 2, 1, 3, 0, 1, 1)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -27L))
df <- tidyr::uncount(df, y) 

ggplot(df, aes(x)) +
  geom_dotplot(method = 'histodot', binwidth = 1) +
  scale_y_continuous(NULL, breaks = NULL) + 
  # Make this as high as the tallest column
  coord_fixed(ratio = 15)

Использование 15 в качестве отношения здесь работает, потому что ось X также в тех же единицах (то есть, одиночные целые числа).Если ось x представляет собой процент или логарифм долларов или дату или что-то еще, вам придется повозиться с соотношением, пока ось y не будет достаточно усечена.

---

Отредактировано с помощью метода объединения графиков

Как я уже упоминал в комментарии ниже, использование пэчворка для объединения графиков с coord_fixed() не работает должным образом.Однако, если вы вручную установите высоту (или ширину) комбинированных графиков на те же значения, что и соотношение в coord_fixed() и , убедитесь, что каждый график имеет одинаковую ось x, вы можете получить psuedo-facetedучастки

# Make a subset of df
df2 <- df %>% slice(1:25)

plot1 <- ggplot(df, aes(x)) +
  geom_dotplot(method = 'histodot', binwidth = 1) +
  scale_y_continuous(NULL, breaks = NULL) + 
  # Make this as high as the tallest column
  # Make xlim the same on both plots
  coord_fixed(ratio = 15, xlim = c(75, 110))

plot2 <- ggplot(df2, aes(x)) +
  geom_dotplot(method = 'histodot', binwidth = 1) +
  scale_y_continuous(NULL, breaks = NULL) + 
  coord_fixed(ratio = 7, xlim = c(75, 110))

# Combine both plots in a single column, with each sized incorrectly
library(patchwork)
plot1 + plot2 +
  plot_layout(ncol = 1)

# Combine both plots in a single column, with each sized appropriately
library(patchwork)
plot1 + plot2 +
  plot_layout(ncol = 1, heights = c(15, 7) / (15 + 7))

Answer 2

Достаточно ли близко для воспроизведения?

Чтобы добраться, поскольку первый график действительно является гистограммой, разверните данные вашего примера обратнов одну строку для каждой формы наблюдения, из итоговых сумм.

df <- tidyr::uncount(df, y)  

Затем с помощью method = 'histodot' и bindwidth=1 введите geom_dotplot() в форму гистограммы-y.

Иудаляя ось Y для эстетики, потому что это дробная тарабарщина, и даже доктора говорят, что это «не очень важно, так что скрывайте это».

ggplot(df, aes(x)) +
  geom_dotplot(method = 'histodot', binwidth = 1) +
  scale_y_continuous(NULL, breaks = NULL)