Вы можете сделать это:
df1 = df[['Type', 'ID', 'QTY_1']].loc[df.RES_1.isin(['Y', 'y'])]
df2 = df[['Type', 'ID', 'QTY_2']].loc[df.RES_2.isin(['Y', 'y'])]
или
df1 = df[['Type', 'ID', 'QTY_1']].loc[df.RES_1.str.lower() == 'y']
df2 = df[['Type', 'ID', 'QTY_2']].loc[df.RES_2.str.lower() == 'y']
Выход:
>>> df1
Type ID QTY_1
0 X 1 10
2 X 3 25
4 X 5 21
5 Y 1 10
7 Y 3 25
9 Y 5 21
>>> df2
Type ID QTY_2
2 X 3 16
3 X 4 62
4 X 5 75
7 Y 3 16
9 Y 5 75