Самый простой способ обойти эту проблему - получить пакет AS Python 2.6 или новее из Activestate и установить его. Он поставляется с SQLITE в стандартной библиотеке.
Пакет AS является тарболом, и вы устанавливаете его в пользовательский каталог, запустив скрипт оболочки после распаковки архива. Это не касается каких-либо битов Python, установленных в вашей системе, и дает вам полностью управляемую среду Python, которую легко реплицировать в других системах независимо от дистрибутива.
Система пакетов Python плохо взаимодействует с системами дистрибутивов Linux, особенно потому, что дистрибутивы Linux могут быть значительно устаревшими.