Используя to_datetime
с format
#idx=pd.Index(pd.to_datetime(pd.Series('2016-07-07 00:08:30')))
pd.to_datetime(pd.Series(idx).astype(str),format='%Y-%m-%d %S:%H:%M')
Out[562]:
0 2016-07-07 08:30:00
dtype: datetime64[ns]
И для нового использования индекса:
df.index = pd.to_datetime(df.index.astype(str),format='%Y-%m-%d %S:%H:%M')