Как уже говорили другие люди, на самом деле не имеет значения, где вы храните свои приложения - важно то, что вы последовательны в этом, так что какой бы сервер вы ни использовали, это просто случай в обычное место.
Я думаю, что единственная причина, по которой люди используют / u / apps / # {appname}, заключается в том, что это настройка Capistrano по умолчанию - мне, конечно, странно делать такие вещи.