Я пытаюсь сделать объект в метилките, мои данные изначально получены из BSSeeker2, но я преобразовал его, чтобы я мог использовать его в Метилките, сначала я попытался использовать преобразование, которое они используют на этом сайте http://zvfak.blogspot.com/2012/10/how-to-read-bsmap-methylation-ratio.html.со строкой кода pool1= methRead("pool1_v2_2018_methcall.CGmap.chr.sorted",sample.id="pool1",assembly="Pm", header=FALSE, context="CpG", resolution="base", pipeline=list(fraction=TRUE, chr.col=1, start.col=2, end.col=3, coverage.col=4, strand.col=5, freqC.col=6))
Здесь я получил сообщение об ошибке Ошибка в [.data.frame (данные, охват.col): выбраны неопределенные столбцы.При этом я использовал функцию read.table, чтобы увидеть, правильно ли размещены мои столбцы, как показано на рисунке.Обратите внимание, что значение FALSE было изменено на +
V1 V2 V3 V4 V5 V6
1 chr1 630 631 1 FALSE 1.00
2 chr1 975 976 4 FALSE 0.00
3 chr1 1035 1036 10 FALSE 0.00
4 chr1 1071 1072 28 FALSE 0.29
5 chr1 1095 1096 16 FALSE 0.19
6 chr1 1155 1156 4 FALSE 0.75
После этого я преобразовал дату, чтобы она соответствовала формату усилителя с такой головой, используя read.table
V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7
1 630 chr1 630 + 1 100 0
2 975 chr1 975 + 4 0 100
3 1035 chr1 1035 + 10 0 100
4 1071 chr1 1071 + 28 29 71
5 1095 chr1 1095 + 16 19 81
6 1155 chr1 1155 + 4 75 25
Здесь я получил ошибкуОшибка в [.data.frame (данные,, 5): выбраны неопределенные столбцы.Так что, должно быть, что-то не так с колонкой покрытия, но я не мог понять, что это было, я новичок в R, поэтому я не знаю, является ли это ошибкой в метилките или самом R.Я надеюсь, что вы, ребята, можете мне помочь.