Посмотрите на эти три строки:
line = x.readLine();
koord = line.split("\\s+");
if (koord[0].equals("..NØH ")){
Условие koord[0].equals("..NØH ")
никогда не будет истинным.
- , если строка содержит "..NØH", то
koord[0]
будет "..NØH" (без завершающего пробела!) - , если строка содержит что-то еще, тогда
koord[0]
будет чем-то другим
Следующее условие if во внутреннемцикл также не выполняется, поэтому оператор break пропускается.
Следующим тестом является условие самого внутреннего цикла while:
while(isInteger(koord[0]))
, поскольку line
было "..NØH", koord[0]
не является целым числом, поэтому этот цикл завершается.
И это возвращает вас к началу среднего цикла while.