Общее правило - поместить ваш код и другие каталоги или файлы в app .
Но да, конечно, вы можете добавить его в свой проект.Это не изменит поведение вашего проекта или Github, которые являются только файловыми контейнерами. Все будет работать просто отлично!
Для вашего следующего шага вот основной .gitignore контент, который я использую для своих проектов Android:
# - Android Studio (IntelliJ IDEA)
.idea/
*.iml
# - Gradle
.gradle
# - Android
build/
local.properties
captures
.externalNativeBuild
Надеюсь, это поможет.