Если я правильно понял ваш конвейер, я считаю, что вы используете неверный шаг для тестирования проекта .NET Core.
В одном из моих решений у меня есть следующий конвейер: 
Как видите, есть отдельный шаг для «традиционных» модульных тестов и новых, написанных на .NET Core.Выбранный шаг выглядит следующим образом:
Благодаря этому я могу без проблем выполнять свои тесты.