Я могу говорить только за себя и свой опыт. Я бы пошел с SSIS, так как это один из тех случаев, когда вы могли бы изобрести колесо без необходимости. Это повторяющаяся задача, которая уже была решена службами SSIS.
У меня около 57 рабочих мест (комбинация DTS и SSIS), которыми я управляю ежедневно. Четыре из них обычно занимаются экспортом от 5 до 100 миллионов записей. База данных, которой я управляю, насчитывает около 2 миллиардов строк. Я использовал задачу сценария, чтобы добавить дату вплоть до миллисекунды, чтобы я мог запускать задания несколько раз в день. Занимался этим около 22 месяцев. Это было здорово!
Задания SSIS также могут быть запланированы. Таким образом, вы можете установить его и забыть. Я наблюдаю за всем каждый день, но часть обработки файлов никогда не ломалась.
Единственный раз, когда мне пришлось прибегнуть к пользовательской программе на C #, это когда мне нужно было разбить очень большие файлы на более мелкие куски. Служба SSIS слишком медленная для такого рода вещей. Текстовый файл на один гигабайт занял около часа, чтобы выполнить задачу сценария. Пользовательская программа C # справилась с этим за 12 минут.
В конце, просто используйте то, что вам удобно.