Вам нужно использовать функцию not (expression), например, такую:
//tr/td[6][not(contains(text(),'badtext'))][not(contains(text(),'badtext2'))]
, и ваш конечный xpath будет выглядеть так
//tr/td[6][not(contains(text(),'badtext'))][not(contains(text(),'badtext2'))]/../td/input[@name='checkbox']
, если вы хотите отфильтровать любой атрибут, включая текст, использование содержит (., 'badtext')