Не могли бы вы попробовать следующее.
xargs -n 2 < Input_file | tr -s ' ' ','
Вывод будет следующим.
4194369,4194376
4194383,4194377
4194389,4194394
4194399,4194395
4194402,4194403
4194407
РЕДАКТИРОВАТЬ: Попытка исправить вашу попытку в awk
следующим образом.
awk 'FNR%2==0{print val","$0;val="";next} {val=val?val OFS $0:$0} END{if(val != ""){print val}}' Input_file
Что было ошибкой в вашем подходе, вы не проверяете значение следующей строки (присутствует или нет), так что этопричина, если ваш Input_file имеет число строк ODD, он напечатает запятую (,), что не должно произойти.