Точный тест Фишера для каждого гена

Question

Я хотел бы сделать данные РНК-Се для нескольких генов, протестированных в контроле и лечении.Для выполнения fisher.test мне нужна таблица сопряженности для каждого гена, есть ли способ сделать это в R вместо вычисления таблицы сопряженности для каждого гена?Я новичок в этом, поэтому любой совет может быть полезным.

У меня есть данные подсчета и данные выборки Info,

                control1 treated1 control2 treat2 control3 treat3
ENSG00000000003        723        486        904        445       1170       1097  
ENSG00000000005          0          0          0          0          0          0 
ENSG00000000419        467        523        616        371        582        781 

Где ENSG - гены

Answer 1

Чтение ваших данных:

dd <- read.table(header=TRUE,text="
              control1 treated1 control2 treat2 control3 treat3
ENSG00000000003        723        486        904        445       1170       1097  
ENSG00000000005          0          0          0          0          0          0 
ENSG00000000419        467        523        616        371        582        781 
")

Запуск цикла for с некоторыми мерами предосторожности:

results <- list()
for (i in 1:nrow(dd)) {
    m <- matrix(unlist(dd[i,]),nrow=2)
    if (any(m>0)) {
       results[[i]] <- fisher.test(m)
    } else {
        results[[i]] <- NA
    }
}
names(results) <- rownames(dd)