В проекте Eclipse у вас может быть столько «проектов внутри», сколько у вас есть папок. Вам просто нужно структурировать ваш общий «проект верхнего уровня» в модульной папке.
- папка верхнего уровня
- папка проекта GUI
- папка проекта сервера
Когда вы добираетесь до «создания проекта» (будь то Java или что-то еще), вы меняете «папку по умолчанию» на подпапку внутри вашего проекта верхнего уровня.