TL; DR Обновление до последней версии (2018.3 или выше), по умолчанию он использует собственный SSH и, если все работает в терминале, он должен работать в IDE.
Немного более подробный ответ ниже:
Помощники по учетным данным Git работают для HTTP-соединений.Судя по ошибке, вы используете SSH, поэтому никакой учетный помощник не задействован, поэтому любые манипуляции с ним не помогут.Сообщение об ошибке также относится к встроенному SSH-клиенту IntelliJ, и причиной является либо неправильный используемый ssh-ключ, либо неподдерживаемый формат ключа - и известно, что встроенный клиент не поддерживает новый формат ключа OpenSSH - см. https://youtrack.jetbrains.com/issue/IDEA-151116
Решением этой проблемы является настройка IDE для использования собственного SSH, который фактически указывает git использовать системный SSH-клиент по умолчанию или тот, который связан с GitForWindows в случае его использования.Предполагается, что собственный SSH поддерживает используемый формат ключа.
До 2018.3 IntelliJ не мог обрабатывать интерактивные запросы для ключевой фразы или проверки хоста, поэтому пришлось использовать ssh-agent.Начиная с 2018.3, IntelliJ может обрабатывать эти запросы, и по умолчанию используется собственный SSH.Таким образом, обновление должно решить проблему, будь то формат ключа или какая-то конкретная конфигурация .ssh, не поддерживаемая встроенным SSH-клиентом.