Лучшая легкая альтернатива - это, на мой взгляд, XOM, но JDOM по-прежнему очень хороший API, и я не вижу причин для его замены.
Однако он не зависит от Xerces (по крайней мере, ему не нужен дистрибутив Apache Xerces, он работает вместе с Xerces, который упакован в JRE).