Оказывается, что даже если очереди сохраняются после истечения срока действия приложения, которое их создало, при перезапуске компьютера или службы MSMQ перфоцентры для очередей, которые были созданы программно, не создаются, пока программа не создаст экземпляр очереди (с использованием конструктора MessageQueue на этот раз)