Когда вы обновляете свою модель из базы данных, EF ищет первичный ключ и использует его - не имеет значения, как вы называете столбец.(в EF нет логики, которая ищет столбец с «id» в имени)
Так что все будет в порядке.Обновите вашу базу данных, затем обновите EF из вашей базы данных, и она должна получить изменения.