Вы не можете. Единственный вариант изменить настройки php с помощью файла .htaccess - использовать
php_admin_value disable_functions
Но, насколько мне известно, это работает только для функций, связанных с безопасностью. Причиной этого является то, что это действительно убило бы производительность, если бы при каждом запросе php приходилось перестраивать список доступных функций, что он и должен был бы делать, если бы это можно было изменять на сервере
или для каждого каталога.
Описание disable_funtions и директив php