Вы можете сначала создать массив той же формы, что и исходная матрица, и заполнить его нулями.Затем в позициях, определенных массивом координат, поместите их в этот массив.Наконец, построите этот массив вместо исходной матрицы.
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
matrix = np.random.randint(0,9, size=(10,10))
highlight = np.array([[1,3],[4,2],[6,8],[7,2]])
hm = np.zeros_like(matrix)
hm[highlight[:,1],highlight[:,0]] = 1
fig, ax = plt.subplots()
ax.matshow(hm, origin='upper', alpha=1, vmin=0, vmax=2, cmap="Blues")
for i in range(matrix.shape[1]):
for j in range(matrix.shape[1]):
ax.text(i, j, str(matrix[j,i]), va='center', ha='center')
n = min(matrix.shape)+1
tick_labels = range(n)
ax.set_xticks([], minor=False)
ax.set_xticks(np.arange(-.5, n-1, 1), minor=True)
ax.set_yticks([], minor=False)
ax.set_yticks(np.arange(-.5, n-1, 1), minor=True)
ax.set_xticklabels([], minor=False)
ax.set_xticklabels(tick_labels, minor=True)
ax.set_yticklabels([], minor=False)
ax.set_yticklabels(tick_labels, minor=True)
ax.xaxis.set_ticks_position('bottom')
ax.grid(which='minor', color='grey', linestyle='-', linewidth=1)
plt.show()
