Храните каждую сущность из каждой базы данных в одном URI, например,
da1:entityX
da2:entityY
, однако используйте идентификаторы из основной онтологии, чтобы пометить их
da1:entityX ref:hasId ref:id1 .
da2:entityY ref:hasId ref:id1 .
, если ref: hasId (object) свойство помечено как обратный функционал, и вы используете рассуждатель, который сможет вывести, что da: entityX совпадает с da: entityY.