Вы не назвали тег;просто ссылка на имя внутри тега for не вызовет его.
Сначала вам нужно будет вызвать его и присвоить его результат переменной:
{% last_three_messages request as my_messages %}
{% for message in my_messages %}
, но гораздо лучший подходбыло бы написать это как фильтр:
@register.filter
def last_three_messages(request):
...
и назвать его как
{% for message in request|last_three_messages %}