Звучит странно. Проверки IDEA на лету, которые вы получаете при редактировании файла build.xml, не должны появляться во время фактической сборки проекта, если только они не являются действительно ошибками и не передаются Ant в IDEA во время выполнения файла сборки.
IDEA может выполнять дополнительную проверку и сообщать об ошибках в Make для определенных компонентов (см. Параметры | Компилятор | Проверка), но она не включает файлы сборки Ant и не запускается при запуске цели Ant.
Если вы не хотите видеть предупреждения из окна сообщений Ant, вам нужно отключить кнопку «Показать все сообщения».
Если вы не хотите, чтобы IDEA анализировала файл build.xml на наличие ошибок, щелкните значок Hector в строке состояния и отключите проверки для каждого файла, изменив уровень подсветки с Проверок на Синтаксис.
Уточните проблему, если это не так (знание версии IDEA также будет полезно).