Это касается использования примера кода для пакета SKAT (для геномики).Когда я использую Jupyter Notebook с ядром R, приведенный ниже код висит в указанной строке.Когда я использую RStudio, он работает просто отлично.
library(SKAT)
data(SKAT.example)
names(SKAT.example)
attach(SKAT.example)
IDX<-c(1:200)
obj.s<-SKAT_Null_Model(y.b[IDX] ~ X[IDX,], out_type='D')
#below is the problem line
SKAT(Z[IDX,], obj.s, kernel='linear.weighted')$p.value
Однако приведенный ниже код будет работать правильно.Таким образом, я подозреваю, что проблема связана с индексацией.Я не смог ничего найти о зависании ядра Jupyter R с проблемами индексации ... кто-нибудь знает, что происходит?
obj.s<-SKAT_Null_Model(y.b ~ X, out_type='D')
SKAT(Z, obj.s, kernel='linear.weighted')$p.value