Проблема заключается в том, что вы устанавливаете встроенный дистрибутив («колесо») для macOS, но среда, в которой вы пытаетесь использовать зависимость, не является macOS.Вы можете сказать это на основе имени файла:
numpy-1.15.4-cp36-cp36m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl
Вы хотите явно указать параметры платформы / ABI / реализации для тех, которые требуются в среде Flex:
$ pip install \
--target lib \
--python-version 36 \
--platform manylinux1_x86_64 \
--abi cp36m \
--implementation cp \
--only-binary=:all:
numpy
MakeОбязательно сделайте это из чистого каталога lib
и с последней версией pip
.