Пожалуйста, остановите текущий таймер
if(yourTimer != null)
{
yourTimer.cancel();
yourTimer = null;
}
и начните новый с тем же именем объекта
yourTimer=new CountDownTimer(long newMillisInFuture, long newCountDownInterval);
//some stuff
yourTimer.start();
Это проще, чем установить новый интервал для текущего таймера.Если вам нужна дополнительная опция управления, вам может потребоваться создать собственный объект CountDownTimer ...