Npm определенно не перезаписывает все каждый раз.Он проходит через довольно сложный процесс, в который я не буду углубляться, но в общем случае вам не нужно каждый раз удалять node_modules.npm существует, чтобы справиться с этой ситуацией, и обычно загружает только новые добавленные или обновленные пакеты.
Иногда я обнаруживаю необходимость полностью удалить каталог node_modules в случае, если я был добавлен / удален /обновление большого количества пакетов.Иногда пакеты могут кэшироваться.Но это не обычное явление, и я обычно рекомендую его, только когда вы замечаете, что посылка устарела.