Вы можете прочитать как второй столбец:
SELECT
nref.value('Article[1]/Journal[1]/ISSN[1]','varchar(max)') ISSN,
nref.value('Article[1]/Journal[1]/ISSN[2]','varchar(max)') ISSN2
FROM @xmlString.nodes('//MedlineCitation[1]') as R(nref)
Или
SELECT
nref.value('ISSN[1]','varchar(max)') ISSN,
nref.value('ISSN[2]','varchar(max)') ISSN2
FROM @xmlString.nodes('//MedlineCitation[1]/Article[1]/Journal[1]') as R(nref)
или отдельной строкой:
SELECT nref.value('.','varchar(MAX)') ISSN
from @xmlString.nodes('//MedlineCitation[1]/Article[1]/Journal[1]/ISSN') as R(nref)
Обновление
Если количество ISSN может отличаться, я рекомендую нормализовать ваш набор результатов:
SELECT
nref.value('.','varchar(MAX)') Issn,
nref.value('@IssnType','varchar(MAX)') IssnType
FROM @xmlString.nodes('//MedlineCitation[1]/Article[1]/Journal[1]/ISSN') as R(nref)